Yep    
En cours de réalisation d'une mission de base sur un projet de construction, le client augmente surface et budget.
La rémunération de l'archi sur le contrat étant prévue "au pourcentage", celle-ci doit donc mécaniquement augmenter.
Le client est ok sur le principe, il faut juste se mettre d'accord sur le combien, mais ma question est plutôt sur le comment : comment formaliser ?
Faut-il facturer la dernière note d'honoraires, puis rajouter une facture de "plus-value", un peu comme un artisan le ferait, ou bien faut-il rédiger un avenant au contrat de maîtrise d'oeuvre ?

Il te faut impérativement rédiger et faire signer à ton client un avenant lequel spécifiera les nouvelles données correspondant à ta rémunération : enveloppe budgétaire du projet, nouvelles surfaces et pourcentage retenu.
 
En cas de litige seul le contrat fera foi !